Pysam应用

Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3和bcftools-1.3的核心功能，能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文档，实现python处理基因组数据的无缝衔接，而不用在python进程内部调用samtools、bcftools等软件。

函数

Pysam的函数有很多，主要的读取函数有：

AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件；

VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF）；

TabixFile：读取由tabix索引的文件；

FastaFile：读取fasta序列文件；

FastqFile：读取fastq测序序列文件

FastaFile：读取fasta序列文件

importpysam##1构建FastaFile对象,调用后返回对象，dir(对象)查看其内置方法refGenome="Homo_sapiens_assembly19.fasta"refseq=pysam.FastaFile(refGenome)dir(refseq)[__class__,__contains__,__delattr__,__dir__,__doc__,__enter__,__eq__,__exit__,__format__,__ge__,__getattribute__,__getitem__,__gt__,__hash__,__init__,__le__,__len__,__lt__,__ne__,__new__,__pyx_vtable__,__reduce__,__reduce_ex__,__repr__,__setattr__,__setstate__,__sizeof__,__str__,__subclasshook__,_open,close,closed,fetch,filename,get_reference_length,is_open,lengths,nreferences,references]##2用fetch函数随机读取序列，查看其使用方法help(object.fetch())###提取整条序列refseq.fetch("chr1")AGCTACTGCTAGCATACGATCTAACGTAGCTCTCTCAGCCGATATTCGCGAT###提取具体位点的碱基，比如上述从左数起第5,6个碱基AC####Python风格半开区间：半开区间碱基位置编号从0开始。refseq.fetch("chr1",4,6)AC####Samtools风格闭区间：碱基位置编号从1开始refseq.fetch(region="chr1:5-6")AC

AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件

##1构建AlignmentFile对象,调用后返回对象，dir(对象)查看其内置方法samfile=pysam.AlignmentFile("example.bam","rb")dir(samfile)[__class__,__delattr__,__dir__,__doc__,__enter__,__eq__,__exit__,__format__,__ge__,__getattribute__,__gt__,__hash__,__init__,__iter__,__le__,__lt__,__ne__,__new__,__next__,__pyx_vtable__,__reduce__,__reduce_ex__,__repr__,__setattr__,__setstate__,__sizeof__,__str__,__subclasshook__,_open,add_hts_options,category,check_index,check_truncation,close,closed,